某夜，中国警方一举破获了由香港黑社会和大陆犯罪分子内外勾结的走私交易。这次行动由“雷霆行动组”直接指挥，生擒香港黑社会四龙帮老大陈雄，故意放走了四龙帮原老大龙山，引起了四龙帮与龙山派系的内讧。龙山迫于各种压力，投诚大陆警方，要求警方保护他和女儿的生命安全。化名为韩卫东、何良和“雷霆行动组”成员和化名为尤婷香港女警官分别从三个不同的角度潜伏介入香港“黑仔联盟”，由此揭开了“雷霆行动”的序幕。 由刘志豪指挥的“雷霆行动”，意在破获香港黑社会中组织严密，类似恐怖组织的黑仔联盟，陈雄和龙山均系黑仔联盟的骨干。陈雄顽固不化，把交待视作交易。因其罪行特别严重，被地方法院处以极刑。龙山虽是投诚，但也只是用一些黑仔联盟的毛皮搪塞警方。刘志豪欲擒故纵，引蛇出洞，放龙山回香港。
龙山回到香港，黑仔联盟和四龙帮哗然。黑仔联盟的神秘首领侯爷，一方面纵容挑唆陈雄的弟弟，四龙帮新老大陈彪和龙山火拼仇杀；一方面秘密派人对韩卫东和龙婷秘密调查，同时对陈彪的拜把子兄弟，死在旺角海湾的何三拐的弟兄何良暗查明访。一时间冷艳性感的女郎叶云反手为云，覆手为雨，忙得不亦乐乎。叶云明是陈彪的情人，暗是侯爷的鱼鹰，叱咤黑幕风云。
龙山摆脱警方的监视，私下到红吧与美国康寿公司的道瑞会晤，不期撞上陈彪。陈彪正欲找龙山算帐，报陈雄在大陆被杀之仇（实际上陈彪篡夺其哥而出卖陈雄），不料龙山并没摆脱女警官龙婷的监视，尤婷的出现打乱了龙山和陈彪的计划。龙山从红吧后门逃走，尤婷寡不敌众，落入陈彪魔掌。
刘志豪和香港国了示刑警督察屠法中为营救尤婷，派韩卫东前去绑架叶云，以此人质互换，警方也因此牵出红吧和叶云两条线。警方洞悉龙山的狡诈之时，正值龙山的弟弟魏甫在家族内政变，不料魏甫反而死于魏亦凤之手，警方逮捕了龙山。
龙山的逮捕引发了黑仔联盟一系列行动，告诉了警方龙山在黑仔联盟中的作用，韩卫东和尤婷几经渗透，按行动组计划，韩卫东离开魏亦凤跟随叶云，尤婷仍留在魏亦凤身边。陈彪为了抢夺龙山的地盘和魏亦凤闹得不可开交，而此时侯爷致力于的大“CASE”正在悄悄进行。
时值美国康寿公司道瑞因谋杀入狱。刘志豪和吴涛涛赴美国，在美国旧金山FBI的支持下密访并制服了旧金山华人黑社会的老大弗来西斯·陈，弗来西斯·陈出于无奈，同意协助大陆警方，于是刘志豪以美国通达国际贸易总公司的总经理身份来到了香港。迎接他的是魏亦凤，侯爷为了独揽此笔生意，在机场绑架刘志豪，用汽车炸弹炸死了前来开车的尤婷。
警方摸清了黑仔联盟的基本内幕，却发生了两个潜伏者的对持。刘志豪机智摆脱了侯爷的监视，冒险约见两名潜伏者，当两名潜伏者相遇对上暗号彼此大惊，原来是在卧底时结下宿怨的韩卫东和何良。
缅甸警方发现大批自杀身死的“新圣教社”的信徒，这些死者内脏全被掏空，正源源不断送往南海某渔产码头的冷藏库。刘志豪与侯爷达成协议，警方布下天罗地网，殊不知还有一条暗线在活动……
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